二周目开始出现在家二楼，下楼后哈乌来拜访，说有人来找出门遇见究极调查队，得知波尼岛上出现异兽
随着调查队飞到波尼岛，看见碧珂，得到属性：空
随后进入波尼树林
从究极调查队得知异兽砰头小丑/垒磊石(
/
)出现在树林一带
找到2只后剧情结束，调查队收集好数据回去了，主角再次回到家中
再次下楼，这次拜访的是马玛内，得知神秘组织占领了圆庆广场
来到圆庆广场，原来神秘组织是火箭队，此时不能用自己的宝可梦进行对战
和手下对话想起了代理人对战
对话前台发动代理人对战，顺利击败火箭队手下
差点被围殴时刻马玛内修复成功，顺利解决圆庆广场事件
回到家里主角妈妈让喵喵表演开电视，正好看到以太乐园被彩虹火箭队占领