游戏开始，男二号KEVIN出现。男二号正准备带主角回家，萨满出现，尾行出现两个黑暗组织成员。萨满给主角一只精灵(自选火叶御三家)，赶跑两人后，设定时间。
画面转到主角家，刚起床男二号又出现，出门前和老妈对话，跑步鞋get!出门又遇男二号，来一局。战斗后发现某女带着某神兽走过，男二号离开，老妈出现说他给主角报了个神马培训班的，叫他马上去SILKWIND TOWN赶船。
来到PC中心，RICHARD那家伙占着位置，再次作出宣告又走了。现在回到港口，已经可以进去了，可是和乘务员对话后还不能上船。往上走，遇到刚刚堵港口的混蛋，抢了主角的精灵去捉精灵，还给主角后又说抒抉精灵弱，先把他虐一顿，战胜后得知姓名LIGHT。回到SILKWIND TOWN，挑战飞行道馆，战胜馆主后，她说主角没有图鉴，不能登录信息，所以给了徽章也没有用处。现在可以回港口上船了。
到了船上，与船板的男三号对话，得知姓名RYAN，对话后会自己房间休息，睡醒后男三号会叫主角下船。进入学院，随便进一个教室上课，在六个课室上完课后可以去楼下上对战课程。上课期间黑暗组织来袭，大家都躲进了山洞，临出山洞时男三号送主角一个图鉴(为毛你有这东西)。
