飞回去SILKWIND TOWN，想左去护林员基地。在护林员基地门前看到一脸沮丧的的男二号，听他诉完苦后进入基地，进入左边的隔间，得知精灵存放系统被黑，科学家请主角进系统帮忙，这时男二号突然出现加入帮忙。进入网络世界，A掉一只哨兵病毒。现在去破坏病毒产生装置，一共8个，再加回复盒1个，A掉后点回复盒传送到新区域。与男二号合流，A掉(或捕捉掉)母体病毒(可捕捉，正线二级神兽)，完成后回到老家。

这时主角到了已经被净化的阴影峡谷，当主角正准备进入山洞时一男子出现，发现了主角，但不可思议的事他竟然触碰不了主角!男子把主角领回家，主角正准备出门时，听到镇中的人在议论声。多次后还有人叫他出去，人们都说主角是灭世之人，这时SHAMAN给主角辩解，并说主角不是这个时间轴的人(玩了命运1的玩家应该能知道这是在哪条时间轴吧)，这时主角消失，出现在雪米面前。雪米出现，并将主角带回他本应存在的时间轴的阴影峡谷。离开山洞，J.B.Crosell告诉他骑拉帝纳飞离了反转世界，并对主角为何没成为骑拉帝纳的寄生体感到好奇。正当主角在海边考虑刚发生的事时，CLAIRE出现，她安慰主角并说萨满可能会帮到他。现在去RINTAH TOWN找萨满，告诉她关于骑拉帝纳的事情。