二周目开局还是家中二楼,父亲把哈奇给的船票交给主角,然后又回道馆了。接下来妈妈问主角电视新闻上宝可梦是什么颜色的,回复红的就是拉帝亚斯,回复蓝的就是拉帝欧斯。
出门,博士将主角和劲敌领进研究所,将图鉴升级成全国图鉴。
出门接到亚希达电话,他叫主角去凯那市或水静市游船。
先不管他,到103往右冲凉,有潜水点,从另一边出来就到达一个神秘的地方,里面有栋屋子可以买大师球,建议多备用几个,遇到神兽捕捉率太低半天都抓不到的就扔大师球。
回到103,右边出现了个洞口,变化洞窟内,左边下楼梯,地底下有Lv10Z细胞,Lv10 核心Z1,Lv10 核心Z2,Lv70 Z狗(特性对的话可以变成完全体);右边Lv30玛夏多。
去新紫瑾做一件被我漏了的事情,拿纸箱,抓Lv35图鉴洛托姆
飞到凯那市,进港口,用船票乘船去水静市,船上遇到亚希达,他邀请主角去对战开拓区。
船上,第二间屋子点床可以治疗宝可梦并且可以过渡时间到达目的地,右上角的屋子里跟npc对话,得到回声技能机器。
到楼下仓库,左下角的垃圾桶里可以捡到梦幻船票,古代海图,神秘的船票,诞生之岛船票。
回楼上,和水手对话到达水静市港口。