☆鱼神的踪迹
冒险区域：Forest Haven -> Greatfish Island -> Windfall Island -> Outset Island
回到森之岛后Deku Tree如当初所承诺的那样把另一颗宝珠：智慧之宝珠 Farore's Pearl交给了林克。在Makar的小提琴奏鸣之下庆典开始了，Deku Tree落下了8颗果实，森之岛一族出动了，要将这8颗果实播种到世界各地去让绿色重回人间。林克的任务也完成了。
入手物品智慧之宝珠 Farore's Pearl
用途主线攻略三宝珠之一
离开森之岛之前，会发现岛上的邮筒在摇晃，这就是林克收到来信的信号。调查邮筒会发现收到鸟人族首领的来信，并且收到一份珍贵的礼物心之碎片 Piece Of Heart，这个宝物累计收集到4个以后就可以增加林克1格体力，但是都很难得到。
入手物品心之碎片 Piece Of Heart
用途收集4个即可提高林克的1格体力上限
根据龙舟的情报，下一步将前往鱼神的居所Greatfish Island，他会在海图上标明目的地，在西北方向的海域。又是一次横跨海洋的旅行，慢慢走吧，不要忘了调节风向。
一路向西来到Greatfish Island，岛上被阴云笼罩，天也变得黑压压的，音乐同样变得很怪异。原来这个岛早已成了废墟。龙舟和林克正在彷徨中的时候，送信鸟Quill飞来，告诉这里发生的一切：魔王来袭击前，鱼神Jabun已经逃离这里，前往林克的故乡Outset Island躲避，但鱼神隐蔽的地方被巨岩封起来了，只有海盗船上的武器才能打开，而海盗船已经前往风之岛Windfall Island了。所以林克的下一个目标就是前往Windfall Island，去找海盗的神秘武器。
旅途中，会途径以前救出来的那个绿帽子Tingle的居所，他住在Tingle's Island的高塔上。林克见到他之后，他告诉在北方海洋的尽头有大妖精的住所，大妖精可以提高林克的钱袋最大持有量，这样将来才可以跟Tingle做交易。
继续走，在风雨交加中回到Windfall Island，看到驳岸的海盗船，但暂时无法进去。岛上的炸弹屋很可疑，林克从后门用贴墙走，并爬上藤蔓进入炸弹屋的上层，看到海盗们正在抢劫炸弹，可怜的老板被绑成一个木乃伊了。一番交谈后海盗们离开，最后林克偷听到了进海盗船下层的密码：Swabbies。
跳上海盗船，在门口输刚才听到的密码，进入到海盗船下层。那个Rico又要跟林克玩跳跃游戏，这次规则改变了，需要在限定时间内通过一连串的挂灯绳荡到对面平台。这里要熟练运用在绳子上按住R键转身对准下一根绳子的技巧，时间还是比较富余的。跳过去之后，愿赌服输的Rico不情愿的把重要装备：炸弹 Bomb交给了林克，最先开始林克最多拥有30颗炸弹，炸弹可以炸开岩石等障碍物，从此以后可以让炸弹花见鬼去了。
入手装备炸弹 Bomb
用途炸掉岩石，木栅栏等障碍，在龙舟上使用时为龙舟大炮
使用方法在菜单中用XYZ键配置，按相应键抛出即可，一定时间后炸弹爆炸。在龙舟上使用时，左摇杆控制大炮方向，A键发射炸弹
这时突然从传音石传来Tetra的声音，质问林克是否也在惦记鱼神的财宝，除非今天晚上林克就取得财宝，否则明天一早海盗们就要出发去寻宝了。时间紧迫快出发吧，时间真的很紧迫吗?也许你已经注意到，自从到达Greatfish Island以后，这个漫长的黑夜就没有结束过，是天意吗?
路过邮筒的时候应该接到过几封信了，比较重要的是Beedle商店船寄来的信，告诉林克有新商品出售了，最后他会给林克一张商店船地图 Beedle's Chart，上面标注了商店船所在的海域，另外有一个海域会卖非常好的东西，一定要光顾啊。
入手物品商店船地图 Beedle's Chart
用途查看商店船的位置，那个带头盔的位置卖贵重物品
记起Tingle的话，先到Windfall Island的西北方海域找到妖精的住所吧，是孤岛上一个大海螺建筑的样子(其他的大妖精住所都是这个样子，以后看到了就进去吧，都有好东西)。进去以后，大妖精会送给林克蓝色钱袋，这个钱袋可以提高Rupees所持量到1000颗，这样就可以购买更贵的物品了。
入手物品蓝色钱袋
用途增加Rupees所持量到1000颗
下一步可以前往故乡Outset Island了，果然，如此漫长的旅程，黑夜依旧，明天早上看来是永远也到不了了。回到故乡，龙舟让林克先回家看看拜访一下亲人再出发。林克回到家，奶奶病了，躺在安乐椅上呻吟，假如林克身上有瓶装Fairy的话就可以治好奶奶的病，奶奶还会给林克的瓶子里装上长寿汤 Elixir Soup。这个药水可以恢复林克的全部体力和魔力，还可以使用2次，真是再亲不如亲人亲啊。如果以后再来找亲亲奶奶的话，只要有空瓶子，奶奶就会继续为林克做汤。
然后先别着急走，还记得最早救Tetra的树林吗?那里还有一个大妖精的住所，走到山顶，因为桥断了，所以要想其他办法。首先让风向西吹，然后爬到桥栏杆最高处，用德古叶飞到对面去。进入树林，可以看到被大岩石封锁的洞穴，用炸弹炸开它，即可进入大妖精的的住所。大妖精会送给林克橙色钱袋，这个钱袋可以提高Rupees所持量到5000颗，从此你就是这个海洋的大富翁了，注意收集Rupee吧。
入手物品橙色钱袋
用途增加Rupees所持量到5000颗
然后，驾龙舟到故乡岛的后面，会被卷入巨大的旋涡。看到山崖上的岩石了吗?装备上炸弹，龙舟会变成炮船，调整炮口对着岩石轰吧，几块岩石全部炸掉后，露出了鱼神的居所，海上旋涡也消失了。进入洞穴，巨大的鱼神出现，一番希奇古怪的对话之后，林克终于得到了最后的一颗宝珠：勇气之宝珠 Nayru's Pearl。
入手物品勇气之宝珠 Nayru's Pearl
用途主线攻略三宝珠之一
☆破解三角岛的秘密
冒险区域：Outset Island -> Southern Triangle Island -> Eastern Triangle Island -> Northern Triangle Island
至此三宝珠已全部得到，黑夜终于结束了。龙舟告诉林克，这是Ganon的诅咒被暂时解除了，下一步该前往3个岛屿将这3颗宝珠全部归位了。龙舟会在海图上标明3个岛屿的地点，正好是一个三角形状。那么一个一个的前往吧，在旅途中还会有一些小小的收获呢。
在最近的三角岛南方，又可以看到大精灵的住所Southern Fairy Island。门口被木栅栏封住了，用炸弹炸掉，进入后精灵送给林克中型炸弹袋，从此可以随身携带最多60颗炸弹。
入手物品中型炸弹袋
用途增加炸弹所持量到60颗
继续向北来到第一个三角岛Southern Triangle Island，岛周边有一些章鱼，小心他们的冲撞。上岛之后发现一尊石像，勇气之宝珠 Nayru's Pearl会自动安放在石像的手上。
放置宝珠的事件只要接近石像就会触发
然后，驾船向东行驶，到达Eastern Triangle Island，在石像手上放置智慧之宝珠 Farore's Pearl。
回头象西北方向走向最后一个三角岛，在三角岛的东方海域又发现大精灵的住所Eastren Fairy Island，门口被一块岩石挡住，用炸弹炸掉，进入后精灵送给林克大型炸弹袋，从此可以随身携带最多99颗炸弹。
入手物品大型炸弹袋
用途增加炸弹所持量到99颗
最后来到Northern Triangle Island，放置最后一颗力量之宝珠 Din's Pearl。奇迹发生了，三尊石像的外壳粉碎，露出3尊女神像来，并且宝珠发出耀眼的光芒互相照射形成ZELDA系列经典的黄金三角。在三角区域的中央，一座通天塔从海底直冒出来。最关键的是，林克又象人间大炮一样被弹射到了通天塔的墙上，好惨的着陆啊。
龙舟赶来接起林克，告诉在林克对付Ganon之前，还要进行最后的试练，就在这座直耸入云的通天塔里接受神的考验。一人一舟一同进入了神之塔。
☆迷宫：神之塔
冒险区域：Tower Of The Gods
迷宫地图
区域1：这里可以驾驶龙舟，水位会不断的高低变化。先向右转，趁水位降低时进大厅东南方的门。
区域2：出现会放电的黄色怪物，先用飞镖打晕它，然后立刻用剑砍消灭。需要把中央的大木箱推到一个合适的位置然后跳上去，等水位升高的时候，扔出炸弹炸开对面的墙壁，在里面得到迷宫地图 Dungeon Map。
区域1：返回这里后等水位升高的时候进入大厅东北方的平台，举起石像放在门口的圆形机关上，门开了。
区域3：先跳下平台，把小木箱放在圆形开关上，上方就会出现光桥，然后爬上平台，等水位降低的时候通过光桥，举起里面的石碑，趁光桥出现的时候返回。
区域1：把石碑放在亭子中央，机关解除，大厅东部的铁栅栏开放了。驾驶龙舟走到尽头。把2个石像分别放在门口的2个圆形机关上，进门。
区域5：先跳下平台，把一个大木箱推到与其他木箱的同一条线上搭桥，然后爬回平台，拣根木棍点燃，趁水位上升的时候连续跳过4个大木箱，把对面的2个火炬点燃，出现宝箱，得到钥匙 Small Key后返回。
区域1：驾驶龙舟，将大厅西部的3堵墙用炸弹大炮轰掉，进入西北方的门。
区域6：宝箱里是指南针 Compass，有一个吐火又会飞的骷髅头很讨厌，要打要躲都可以。
区域1：进入大厅西南方的上锁门。
区域7：消灭这里所有的带电怪物，出现光梯，到顶层举起石碑，趁水位降低的时候返回。
区域1：将石碑放在与对面石碑平行的凹陷处，机关解除。大厅北部出现新通道，从北部门进入。
区域8：中央是一个旋转仪器，当它看到林克时就会发射激光，躲着点。举起2个石像放在对面的2个开关上，然后林克再踩第3个开关，前面的平台就开始移动了。跳上去，到达2F。
区域9：通过……
区域10：这里又是一个重要枢纽。先进东侧门。
区域11：乘坐移动平台前行进门。
区域12：走到头看到一个石像和一个石碑，石碑上写着控制石像的秘密，按R键召唤石像，石像就会跟着林克走。从光阶段下方走到头后，举起石像跳过去返回。
区域11：举着石像通过移动平台。
区域10：回到这里后石像会自动移动到一个台座上，大厅中央出现一块石碑，上面记载着乐谱。林克在石碑前学会新的乐曲：号令之曲 Command Melody。这时西侧门打开了。
入手乐曲号令之曲 Command Melody
用途在某些同伴同行时，奏曲可以直接操作他们。(林克的样子好象星战里的尤达大师啊……)
使用方法用风之杖演奏，按住左摇杆左，然后按C键左-》空-》C键右-》空。操作其他角色时按R键切换回林克。
区域14：中央是深渊，需要用绳钩钩住上方枝杈跳过，进入对面的门。
区域15：再用绳钩跳过深渊，按R键召唤石像苏醒，然后林克踩在开关上演奏号令之曲，切换为操作石像通过光桥，按R切换回林克。举起石像返回。
区域14：把石像放在开关上，南方的门打开。用绳钩荡起来，然后把方向调整为向南，跳过去进门。
区域16：小型战斗开始!出现一个身穿厚甲的巨大士兵，对付它最好的方法是用闪避斩，也可以绕到它身后去攻击那里的弱点，在它盔甲脱落以后就比较好对付了。消灭后宝箱出现，得到重要的远程攻击装备：勇者弓 Hero's Bow。从此远程攻击又多一件利器，最初可携带30支弓箭。
入手装备勇者弓 Hero's Bow
用途远程射击，攻击力强，可以接触眼睛机关。
使用方法在菜单中用XYZ键配置，按住相应键并用左摇杆瞄准，松开即射击。锁定状态时可直接射击，最初有30支弓箭。
区域14：用弓箭射击对面墙上的眼睛，就会出现移动平台，用绳钩荡回去，举起石像跳过移动平台返回。
区域10：石像会自动走到台座上，向北方向的门打开了。
区域17：复杂的地方……一点一点来。前面有两个用铁链栓住的圆形平台，只要跳上一个就会下沉好象跷跷板。先跳上左方的，用炸弹炸开墙壁，进门。
区域19：地上有一个风形状的图腾，根据上面的提示，站在上面演奏风向之曲，宝箱就会出现，里面是一张藏宝图 Treasure Chart。这时2个石像会复活开始攻击，他们的弱点在嘴里，只要在他们张嘴时把炸弹扔进去就可以解决他们，很搞笑的。
其实来这里的主要目的并不是为了寻宝，而是让你知道如何对付这种机关和敌人……
区域17：这次走东边的门。
区域18：里面是恐怖的深渊，上面有很多活动平台，先跳到有眼睛机关的那个平台上，射击眼睛，平台会开始移动到上层，跳过去从宝箱里取得钥匙 Small Key后返回。
区域17：把4个石像都扔到一个圆形平台上让它承受重量，然后从另一个圆形平台跳到北边，进入上锁门。
区域20：先跳上石碑台，然后用德古叶飞过激光束，召唤石像下来以后演奏号令之曲，操作石像穿过激光站在圆形机关上，激光机关解除。换回林克搬起石像返回。
区域17：又来了……先放下石像，用弓箭干掉对面的魔法师。然后再把原来那4个石像都扔到一个圆形平台上，再扛起要带走的石像跳过另一个平台返回。
区域10：石像会自动走到台座上，全部机关都解除了。大厅中央出现了升降系统，走过去升到3F。
区域21：扛过2个石像来压住圆形机关，林克自己再踩一个，激光消失，取得巨型钥匙 Big Key。2个石像复活了，这是新敌人，他们的弱点在后背的红宝石处，小心的绕到后面去攻击吧。消灭2个石像之后通路打开。
区域22：有一段很长的阶梯，旁边出现的是一些激光扫描的怪物，靠近它们就会被扫，是战是躲都随意。
区域23：迷宫BOSS门前，那几个瓶子里可以补充弹药，体力和精灵。
☆Boss战：神之手
必备装备：弓箭，炸弹
奖励物品：心之容器
这可以说是游戏中最有趣的一场BOSS战，来此体验一下ZELDA系列远近程组合攻击的乐趣吧。对手是神的化身，有一个巨大的头部和两只大手，都漂浮在空中。大手会变成拳头砸，或者向一个方向猛推试图将林克推下平台，而头部的攻击方式是口吐一连串火焰，只要不要走直线就可以轻易躲开。整个战斗难度并不高，只要时刻记住锁定敌人就可以了。
首先，锁定神的某之手，用弓箭射击上面的眼睛，中几发以后手就会退场，以此方式攻击另一只手。然后，头部的2只眼睛开始发光，依次锁定它的2只眼睛用弓箭射击，直到头部重重的落在地上。这时它的大嘴张开了，赶快跑过去扔一颗炸弹放它嘴里，结果是很爆笑的。在头部重新漂浮起来后，按此攻击方式继续，即可消灭神之手。不用担心弓箭不够用，因为这是试练，所以当弓箭数量为零时，神的嘴里会吐出弓箭的补给来。
胜利后会得到奖品心之容器 Heart Container，战胜神的感觉不错吧。