☆被遗忘的城市
冒险区域：Tower Of The Gods -> Windfall Island -> Forsaken Fortress
胜利后林克来到了神之塔的顶层，爬上梯子用绳钩钩住钟柄敲钟，神之塔下的海面上出现了神秘的通道，龙舟载着林克来到了沉入海底的古代海拉尔都市。这里的时间就好象凝固了一样，所有的物体都是静止的，所有的颜色都是黑白的。龙舟告诉林克要进去取一件武器来对付Ganon，进城以后，可以看到时之勇者的雕像，在他前面有3个三角状物体，推动3个物体到地面中间的三角型标志上，雕像下面就会打开新的通道。来到城下层的宝物间，在中间平台上取得那把著名的圣者之剑 Master Sword。
入手装备圣者之剑 Master Sword
用途替换掉勇者剑，攻击力加倍，回旋斩范围增大
使用方法勇者剑怎么用圣者剑就怎么用
取得剑以后，城市也复活了，在城堡大厅里怪物们开始活动起来，数量很多，要想离开城堡必须要消灭他们。因为有了更强劲的圣剑，战斗会轻松一些，但这些怪物都是会防御的矛兵和重甲兵，所以，用闪避斩来对付他们更有效率一些，经过一通厮杀以后，林克大获全胜，封锁的门打开了。
回去找龙舟，龙舟告诉林克，现在有了这把剑，终于可以去恶魔要塞Forsaken Fortress对付Ganon了!那么返回海面准备出发吧。
假如你信心不足，可以四处转转收集些隐藏宝物以便后期的战斗更轻松，也可以直接前往要塞。不过，路过Windfall Island的时候建议稍作停留。还记得在石碑前跳舞的男人吗?到他那里拿出风之杖，他会手舞足蹈的交林克一首新曲子：时间之曲 Song Of Passing。他舞蹈时手指向的方向就是曲子的音阶，不过这首曲子在OOT里是相当有名的，作用就是让昼夜变换。
入手乐曲时间之曲 Song Of Passing
用途演奏此曲可以立即变白天为黑夜，或者变黑夜为白天
使用方法用风之杖演奏，按C键右-》C键左-》C键下即可
准备完全之后，可以向要塞进发了，那要塞就是以前林克拯救妹妹的地方，在大海的最西北区域。不过令人怀疑的是，最终战斗这么快就来临了么?……
☆迷宫：恶魔要塞
冒险区域：Forsaken Fortress
这是个非常特殊的迷宫，首先在游戏序章时已经闯荡过一部分了，并且得到了地图，其次它是由分为内外结构组合而成的。内部的地形并不复杂，只有2层，而且1F，2F几乎是相通的，2F可以跳到1F。
临近要塞时，天会突然转黑，要塞周围布满了大炮，龙舟要小心点，使用龙舟大炮轰开木门进入要塞。刚到广场上，就出现了宿命对头：幻影加农。
☆Boss战：幻影加农
必备装备：剑
奖励物品：骷髅锤
这个不是加农Ganon，只是它的幻影而已。玩过OOT的话应该对它很熟悉。幻影加农一直漂浮在空中，而且时隐时现，它会用冲刺斩和放光球来对付林克，能躲就躲吧。
对付它的方法是打乒乓球……一定要锁定它，在它放出光球时，算准时间出剑，把光球弹回去，它也会继续把光球弹过来。光球的速度会越来越快，不过还好，一般只要反弹3次，光球就会击中欢迎加农，它掉到地上暂时麻痹。这是唯一的攻击机会，立刻上前用剑砍吧。然后反复如此即可将其消灭。你看这个迷宫确实与众不同，一上来就是BOSS战。
战斗胜利后，广场中央出现了宝箱，里面是重要装备：骷髅锤 Skull Hammer。这个双手大锤可以砸碎一些机关和岩石，也可以攻击和震麻敌人，可惜的是出招速度有点慢。同时，广场周边被锁的门也打开了。
入手装备骷髅锤 Skull Hammer
用途解开巨型开关，砸碎岩石，攻击敌人
使用方法在菜单中用XYZ键配置，按住相应键抡锤
下一步应该用大锤砸碎广场楼梯前的3个巨型开关，然后上2楼。2楼的区域基本上是一个连通的圆形，所以从哪边走都可以。你可以看到3个探照灯又开始工作了，为了到达顶部，必须要先把2F的3个看守探照灯的怪物消灭。需要一提的是，要塞内部有很多拿着长矛的猪头怪，消灭他们以后可以得到不少的 Rupees，可以利用这个机会小赚一笔。
在2F要塞内部，需要用德古叶飞过中间的空隙，以免掉到1F去，另外需要用骷髅锤砸掉挡路的大开关。在2F最东部的房间里可以取得指南针 Compass。在确认3个探照灯已经失效后，进入2F最北部的大门，这里很眼熟吧，就是最初盖着大木桶行走的目标地点。
这里仍然是长长的走廊，中途经过2处悬崖用贴墙走过去，到了顶层的门前，用骷髅锤砸下开关，门开了。林克终于和妹妹相见了，正在林克琢磨怎么打开牢房的时候，Tetra带着她的海盗喽罗突然出现，帮助林克打开了门带走了被劫持的少女们——当然海盗是要拿她们换赎金的，哪有那么善良的海盗啊。不过林克的妹妹确实是被海盗免费救走的。Tetra看到林克背着的圣者剑，突然大惊失色，她跟这把剑有什么渊源呢?她没有说出来，而是撂下一句“我们还会再见面的!”也失去了踪影。这时，那只劫持少女的大鸟从天而降。
☆Boss战：钢盔鸟
必备装备：骷髅锤，绳钩
奖励物品：心之容器
老冤家终于碰头了，林克可不是当年被一口吹走的小孩了，这次要让你见识圣者剑的厉害。这场BOSS战分为2个阶段。
第1阶段，是在一个四周有旋转阶梯的大厅里，海水从脚下冒出来并且逐渐上涨。这里不需要战只需要逃，顺着旋转阶梯一直往上走，大鸟会在大厅中央飞行，并且用嘴啄林克，只要一直跑就可以躲开它。最要命的是，它还会冲撞旋转木阶梯使得阶梯散架，同样只要一直跑就可以跳过去，中途的敌人都不要理它们。如果不慎掉进水里，就只好先四处漂浮找浮木做落脚点以免在水中窒息了。并且落水的话最后还需要绳钩荡过去。一直走到顶部时，大鸟会伸出脑袋来挡住去路。给它一骷髅锤即可。
第2阶段，终于爬到顶层平台，大鸟从水中一跃而起，BOSS战这才真正开场。大鸟的攻击方式就2种，在地上啄以及在空中冲刺，锁定它以后很好躲开。大鸟的脑袋上戴着头盔，所以在它落地后啄林克时，只要躲开了，它的嘴巴就会嵌入地面，赶快用骷髅锤K它的脑袋。如此3次之后，头盔粉碎了，露出嫩嫩的鸡冠子来，难道是一只大公鸡嘛呵呵。再以后就可以用剑来攻击它的头部了，最终，这只钢盔鸟终于在林克的圣者剑下烟飞灰灭了。
胜利后仍然得到万古不变的奖品心之容器 Heart Container。
消灭大鸟以后通道打开，继续向上走到要塞顶部的房间，可怕的加农出现了。他自报真名为Ganondorf，在笑话林克傻乎乎的取得了失去魔力的圣者之剑，不但对付不了他，反而解开了封印使世界上又冒出很多妖怪来。林克不管三七二十一就冲上去，结果自然是被加农打翻在地并且被剑指着鼻子。好吧，按照一般的剧本要求，救兵该来了，Tetra出现，不过她对于加农来说只是个小娃娃而已，被加农轻易捏在手中。就在这时，加农惊讶的发现自己手上的黄金三角在闪光。加农继承了黄金三角的Power那一部分，只有遇到同样继承黄金三角的人才会这样。加农开始仰天狂笑，原来他费劲力气要捉拿的少女就是眼前的Tetra，加农狞笑着说“我终于找到你了，塞尔达公主 Princess Zelda!”
真的这么巧么?无巧不成书嘛。就在加农准备庆功的时刻，2只鸟人突然飞来拽走了林克和Tetra。原来是龙神Valoo赶来了，加农冷冷的看着这一切，好象并不在乎的样子，直到他的老巢被龙神的大火包围。龙神，鸟人，林克和塞尔达公主绝尘而去……
看到这里，如果你觉得游戏几乎要结束了，那么只好告诉你，游戏的上半部分终于结束了。
这个巨大的转折点上，来2张剧情图吧
☆传说中的风神
冒险区域：Fire Mountain -> Ice Ring Isle -> Headstone Island -> Mother & CHilden Isle
龙舟载着林克和Tetra来到海下的海拉尔王国，告诉他们要了解所有的秘密，就到雕像下的地下室去。林克和Tetra来到这里，发现一位红袍怪人，他的声音……居然和龙舟一模一样!原来他就是变成龙舟的海拉尔国王，难怪他也能使用Tetra送给林克的传音石对话，本来就是他制造的。当然，更重要的秘密还在后面，也许你注意到了Tetra脖子上带的三角项链了吧，缺了一块，这一块就在国王手里，国王把2个三角碎片拼在一起，Tetra终于显出了原形：她就是塞尔达公主。Zelda手上的三角开始闪光，那代表着智慧，Ganon手中的那个三角代表着力量，那么林克呢?……好象还没有三角的说。
龙舟国王带他们到这里来是为了为公主找一个藏身的地方，一阵唏嘘之后，林克与公主告别，龙舟告诉林克：还有更重要的事要做，圣剑失去了魔力是因为缺少圣者 Sage的保护，那么一定是因为圣者神殿遭到了破坏，林克一定要去神殿拯救圣者恢复圣剑的威力。在这个世界上有2个圣者神殿：风之神殿 Wind Temple和地之神殿 Earth Temple。龙舟在海图上标出了神殿的位置，但是想进入的话是很不容易的。
回到海面上，龙舟又告诉了林克一个秘密：最后一块黄金三角被多年以前的时之勇者分割成了8片，藏在这个世界的各个角落，那就是林克应该拥有的勇气之三角。可惜，龙舟并不知道这些三角碎片的下落，需要林克在茫茫大海中自己去寻找。抽龙舟……
接下来的流程似乎很自由，整个海域都可以随意游荡，甚至好象有失去了主线线索的感觉。你可以直接到母子岛探险，也可以跟着下面的流程一起来一场制作者想要安排的海上漫游之旅。为了让流程整齐些，我们先搞定2座神殿，再去寻找传说中的黄金三角碎片。
首先，经过一天之后林克会在任意岛上的邮筒处收到一封无耻的付费信：价格201Rupees，无奈只能把它买下来。那是著名奸商Tingle卖给林克的一份神秘海图：黄金三角海图 IN-credible Chart，先好好收藏这幅图吧，将来会有作用的。
入手装备黄金三角海图 IN-credible Chart
用途图中记载了描述黄金三角碎片埋藏地点的海图的位置……
先去林克故乡附近的神殿看看，从神之塔一路南下2个海域，会路过一个冰之岛Ice Ring Isle，岛上完全被冰气覆盖，这里的地图鱼告诉林克，这里隐藏着秘宝，但是想进入这里就必须要北上四个海域再向西三个海域在那里取得能够进入这里的装备。先不管他，继续向西南海域进发。
路过双目岛Two Eyes Reef的南方，会碰到一个活动在旋涡里的巨大章鱼，它有四只眼睛，需要龙舟大炮一一轰掉就可以解决它。这时海面上突然出现了一只大妖精，她感谢林克将她从章鱼的拘禁中解放出来，并且送给了林克特殊能力：魔力加倍。
入手装备魔力加倍
用途林克的魔力提升一倍
继续向西，终于来到目的地之一：石头岛Headstone Island，可惜神殿的入口被一块巨大石像封锁。从这里的地图鱼处打听到，在从这里出发北上四个海域，再向东三个海域的火山那里可以取得举起石像的装备。只能先去火山了…………到这里你有没有被溜得很狼狈的感觉?
火山海域就在龙之岛南方，好长的路啊，先到森之岛那里向北走，会经过炸弹岛Bomb Island，炸开中央的巨石后进入内部，可以把蜈蚣打成方块压住开关取得一个心之碎片 Piece Of Heart。不过好东西还在外面，岛上有个拿望远镜的老头会告诉林克他所看的方向有个好东西，驾船向那里驶去会看到一艘潜水艇，进入内部消灭几个怪物后，会从宝箱里得到第2个珍贵的瓶子 Empty Bottle。
炸弹岛东北方向的海域又是一个大精灵的居所，门口有3个大开关，用骷髅锤砸掉，入口打开。这里的精灵会送给林克中型弓箭袋，从此可以携带60支弓箭。
入手物品中型弓箭袋
用途增加弓箭所持量到60支
接着长途跋涉来到火山岛Fire Mountain，巨大的火山在不断喷熔岩，一看就无法着陆。只能向地图鱼打听情报。地图鱼告诉林克，从这里北上一个海域，再向西四个海域隐藏着进入火山的装备。这地点……不就跟冰之岛地图鱼提供的情报一样吗?看来那里就是解决问题的关键了!继续前进吧，此神秘岛就在恶魔要塞的东南方海域。如果已经航行的很疲倦了的话我可以先透露个小秘密，这将是最后一次漫长的航行了……打起点精神向那最终的目标前进吧。
一路疲倦，终于来到了神秘的母子岛Mother & CHilden Isle。那座高山似乎无法进入，地图鱼告诉林克，要想进入这里，就必须要借助风的力量。……也许你已经看到不远处巨大的龙卷风了吧，秘密就在那里。走到龙卷风附近会立刻被旋涡卷住，可以看到龙卷风内部有一个家伙在疯狂。赶快拿出弓箭，嗖嗖嗖射他三箭就可以搞定他。如果没来得及射中他的话龙舟就会被卷到其他的海域去，这样的话还得重来。
龙卷风终于消失了，在里面抽风的家伙原来是以前那个风神的兄弟龙卷风神Cyclo，又是一只青蛙……他教会了林克一首重要的龙卷之曲 Ballad of Gales之后消失无踪。从此海面上再也不会有大龙卷风了，不过最重要的是，林克终于学会快速旅行的乐曲了!
入手乐曲龙卷之曲 Ballad of Gales
用途演奏此曲即可到达某些特定的海域，实现快速旅行
使用方法用风之杖演奏，按住左摇杆左，再按C键下-》C键右-》C键左-》C键上即可，这时会出现海图，选择想要到达的那个闪白光的区域后按A键确定
那么第一步当然是演奏龙卷之曲进入母子岛的高山之中了，这里居然是精灵女王的居所，而精灵女王的年龄看起来居然跟林克差不多，要不然她总跟林克眉来眼去的搞得林克都不好意思了呢。这次精灵女王送给林克的是用弓箭使用的重要装备：火之箭和冰之箭 Fire & Ice Arrow。用弓箭发射分别可以破坏冰和火的物品，这样冰之岛与火之岛的宝物终于可以收入包中了。
入手装备火之箭和冰之箭 Fire & Ice Arrow
用途发射火箭和冰箭，用于破坏冰和火的机关，每一箭都需要消耗少量的魔力
使用方法先选择弓箭，在弓箭上弦后，按R箭可以切换火/冰之箭
☆冰火岛的秘宝
冒险区域：Fire Mountain -> Ice Ring Isle
如果你已经有一大把Rupees的话，那么就可以去挥霍一下了，如果你身上的银子少的可怜，就去开几张藏宝图挖点宝藏出来吧。在母子岛南方的海域是岩石岛 Rock Spire Isle，这里的商人船有一个瓶子，一颗心之碎片，和一张藏宝图贩卖，但是价格不菲。如果手里够500Rupees的话，就先购入一个瓶子 Empty Bottle吧，这样你就拥有3个瓶子了，可以随身携带不少药品或精灵，战斗会很轻松的。
从岩石岛往西的海域，住着游戏里的最后一只大妖精，那里是Western Fairy Island。同样，门口需要用骷髅锤解开机关，里面的妖精会送给林克大型弓箭袋，随身可携带99支弓箭。至此，所有的精灵都见过了，林克获得了全部的珍贵礼物。
入手物品大型弓箭袋
用途增加弓箭所持量到99支
做好准备工作之后，接下来可以进入游戏主线了。首先向火山岛Fire Mountain进发，去寻找那里的密宝。现在已经学会了龙卷之曲，就不要傻乎乎的长途跋涉了，直接飞到龙之岛然后往南即可到达火山岛。靠近火山，可以看到山顶上喷出的熊熊燃烧的熔岩柱。使用弓箭瞄准那条柱子，切换到冰之箭射中后，火焰全部消失了。但是只有5分钟时间(其实很富余)并开始倒计时。赶快登上火山岛，爬到最高处，中途有一处要贴墙走，还要对付比较烦人的怪鸟，到达山顶的洞跳下。
进入火山不要跟火蝙蝠纠缠，尽快跳过一连串的火上平台，在后面消灭2只火蜈蚣后，宝箱出现，从中得到重要装备力量手镯 Power Bracelets。这个物品会自动装备上，旁边就是一个大石像，走到前按A键即可举起，再按A抛出。这个手镯的作用就是举起一些巨大的障碍物。
入手装备力量手镯 Power Bracelets
用途举起巨型岩石或石像
使用方法自动装备，走到障碍物前按A即可使用
然后，南下去冰之岛Ice Ring Isle，去取另一件密宝。冰之岛被冰层笼罩，走近可以看到一个龙头在往出吐冰气。用火之箭射它，冰气就会消失，同样，这里也只有5分钟时间。需要延着边缘登上高台，然后跳过2块浮冰，进入山洞，注意冰面是很滑的，如果操作不当的话，林克在这里会做出很搞笑的动作。
进入山洞内部，会看到左边有一条近路，但是那里一直在吹风，不要走那里，会被吹下悬崖，从右方绕过去，在尽头的宝箱中得到重要装备：铁靴 Iron Boots。穿上这双靴子就不怕风吹跑了，但是移动速度会很慢。在山洞里的风口处还有个地洞，可以下去找点银子花。
入手装备铁靴 Iron Boots
用途穿上以后不怕风吹，也可以踩住一些重型机关
使用方法在菜单中用XYZ键配置，按相应键穿/脱靴子