在各个主城的停靠点附近可以通过飞船技术服务员进行飞船的自定义改装
进入飞船改造界面后，通过J键对单个部件进行自定义着色，X键则调回默认颜色。此外进行双击整个飞船则可以对飞船进行整体上的改造，并且按住Ctrl键可以对相邻模块进行统一来拽或者改造。R键和F键进行对模块的高度调节
飞船能搭载的船员数量与社交技能树中的飞船指挥和飞船本身的最大船员载量挂钩
飞船当前的等级与搭载的反应堆挂钩，反应堆每个飞船只能装备一个，且当前可改造的各种武器和装备不能大于反应堆等级，A
如下图飞船的等级就是B级。它可以装在A级和B级的各种装备和设施，但是无法装在C级装备
驾驶高级飞船的能力则与技术技能树中的驾驶技能挂钩
关于如何快速提高驾驶等级，推荐在三头同盟区的UC大厅坐电梯到先锋队驾驶员模拟器楼层进行模拟训练，同样算作飞船击杀数，可以很快完成技能要求目标
飞船的改装也分为直接升级和自定义改装。直接升级对自动选择相同的武器模块进行统一改造。而关于自定义改造时的各舱室的内容，这里我做过一些实验得出部分结论，但是不同品牌间的舱室内部内容会有一些区别，且舱室结构的组成不同可能会导致部分研究台被挤掉的现象存在，所以仅供一个参考，可以根据自行的需求进行选择
工坊一般包括：工业台，武器改造台，宇航服设计台，科学实验台
科学实验室一般包括：医药实验室和科学实验室
生活区一般包括：厨房和床之类的休息地点
医务室一般包括：研究实验室和医药试验室
控制站一般为装饰用
电脑核心一般为装饰用
船长室一般包括：导航台和休息的床位
军械库一般包括：武器加和展示台
多合一泊位一般包括：厨房和休息的床位
另外飞船可以改造加装一些货物仓以让飞船可以运载更多的货物，解锁高等级星舰设计后还可以加装隐形货舱已走私违禁品
经过加装后可以加载近7K的货物，垃圾佬狂喜
另外在进行飞船改造时多注意右下角有无错误字样，查看引起错误的原因。同一架飞船最多拥有三种种类的武器，进入飞船建造器界面按下C键进行武器的分配。
在进行自定义如果遇到提示着陆舱与驾驶室没有链接则说明期间被其他部件隔断开了，你需要将着陆舱与驾驶室建立在相邻模块或者中间使用联通的舱室进行连接
还有一点极为关键，飞船的维修工具“飞船零件”，需要储存在飞船的货舱之中时，才可以生效
