剧情梗概
阿米西亚与父亲一起发现了奇异的生物现象，就在父亲准备发动一场狩猎之时，一群宗教人员手下的士兵为了捉拿阿米西亚的弟弟雨果而来到了镇子，父亲因不愿透露儿子的踪迹而被杀害，母亲将患病的雨果交给了阿米西亚，让她带弟弟去找一名医生。两人离开之后自己被宗教活捉。阿米西亚和雨果经过了一段冒险之后结识了一群好友，并成功知道了宗教要捉拿雨果的原因。
原来雨果继承了玛库拉血统，可以控制鼠群，大审判长想要获得雨果的这种能力从而统治世界，便训练了一种不受雨果控制的白色老鼠传播瘟疫，最终阿米西亚、雨果成功击败了大审判长，瘟疫很快也就消失了，两人救出母亲一起去过快乐生活了。
背景介绍
游戏中的剧情发生在1348年，时值英法百年战争，即历史上有名的鼠疫时期，黑色病蔓延到了整个欧洲，一时死伤无数。游戏中大量的老鼠与牲畜尸体都时刻在告诉我们这场瘟疫的威力有多么巨大，加上战争期间对人命的漠视，游戏长时间给玩家带来一种压抑的感觉。
在当时的欧洲，宗教的权力极大，许多大主教手上的权利并不比国王要低，人们盲目的迷信宗教，认为这是天罚。加上宗教的影响，他们认为解剖是对人体的不敬，限制了医学的发展，这也是为什么最终的BOSS人选是宗教大审判长的原因之一。
游戏选择在这样的背景下讲述故事，不仅有着真实历史故事的支持，也有加工创作的空间。
剧情详解
游戏从一开始就已经强调了弟弟雨果的与众不同，审判所派遣大军来提人与为了拿人四处滥杀足可见对雨果的重视。当姐弟二人踏上了逃亡之路，一路上关于瘟疫的表现极其明显，无论是在门上画上白色的叉还是烧死感染者，都与时代背景相符。游戏一直引导着玩家将鼠疫与背景故事结合起来，其实是为后面的故事埋下翻转的种子。
阿米西亚和雨果中间经历了许多事情，除了交代两人之间感情的升温，还有继续误导玩家的原因，像是雨果曾经在路边捡到过一个英国的盾牌，并向阿米西亚炫耀，而再向前就是一个满是尸体的战场，这里无疑是暗示了英法大战的背景。
剧情进入中期我们才能了解到造成一切的都不是黑死病，老鼠大军不过是虚构的恐怖。弟弟雨果竟然是玛库拉血脉的继承者，掌握着名为皇权的能力，能够控制老鼠的行动，剧情一时间魔幻了起来。
当剧情看完剧情才会发现人性的自私、欲望才是一切的凶手，象征着光明的大审判长以神之名行魔鬼之事，整个瘟疫对于欧洲来说是一场灾难，也是一场反思，对于社会、宗教、人性的反思。
故事的最后一章阿米西亚、雨果与母亲一起在阳光下远去，也是象征着中世纪的结束，人类历史踏入了光明的未来。
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